2年前の飛行機事故で家族を失い、唯一生還した少年カミシナ・ジン。
事故機のパイロットがジンの父であったこともあり、ジンは周囲から非難と好奇の眼差しを受け、孤独な生活を送っていた。
そんなある日、ジンは宇宙開発機関「ISDA」に呼び出され、ドラゴンの秘密を明かされた上で組織への協力を求められる。
飛行機事故の事実を公表しないISDAに反感を抱き、組織への協力を拒否するジンだったが、トアという謎の美少女に危機を救われたことをきっかけに、次第にDプロジェクトに巻き込まれてゆく。